Il Dominio non riesce a trovare immediatamente la cura per il virus trasmessogli dalla Federazione e si ritira nel Quadrante Gamma. Nonostante le risorse stiano cominciando a scarseggiare per l'aggravarsi della malattia, i Fondatori decidono tuttavia di mantenere un paio di avamposti attivi per monitorare l'attività del settore e per appoggio logistico. Questi avamposti sono situati in due delle zone più; strategiche per la politica di conquista del Dominio di tutto il quadrante. Uno si trova nei pressi dell'imbocco del tunnel spaziale bajoriano, l'altro in pieno territorio cardassiano. Le due stazioni, private di mezzi da battaglia pesanti tali da far preoccupare le altre potenze di una nuova aggressione del Dominio, sono controllate ciascuna da un Vorta a capo di una squadra di Jem'hadar. Romulani, Klingon e Federazione ritirano le loro truppe nei relativi spazi e cominciano a curarsi le ferite e a ricostruire dalle rovine che la guerra ha lasciato loro.

Su Bajor, intanto, dopo la morte di Kai Winn, viene eletto al suo posto Kai Somar.

I Maquis, sentendosi ancora una volta abbandonati dalla Federazione che ancora non tenta di rivendicare i territori occupati dai Cardassiani, minacciano nuove incursioni per continuare a proclamare le loro rivendicazioni.

I Romulani scoprono l'inganno che ha causato il loro rientro in guerra contro il dominio nel 2374.
I rapporti con la federazione si inaspriscono nuovamente in modo notevole.
Vengono riaffermati i principi della zona neutrale.
Romulani e Federazione ricominciano la guerra fredda che i recenti conflitti avevano solo momentaneamente alleggerito.

I Klingon, non potendo permettersi di gestire un altro conflitto, rafforzano la loro alleanza con la Federazione, così da poter contare su un valido aiuto in una possibile guerra contro i Romulani.

Il governo federale rafforza nel frattempo i contatti e i rapporti di collaborazione con il governo bajoriano.
Su Bajor la popolazione respira un clima nuovamente tranquillo e pacifico, e il pianeta si prepara a vivere un periodo di nuovo splendore in questi anni in cui la minaccia cardassiana è pesantemente attenuata.

I Cardassiani, infatti, sono intenti a ricostruire il loro impero dopo le pesanti perdite inflitte dall'Alleanza e dal Dominio.
Dopo aver scacciato ogni residua presenza del Dominio da Cardassia Primo, i Cardassiani mirano a conservare i territori conquistati, sfruttando pesantemente il fatto che anche le forze della Federazione non si trovano in condizioni migliori.
Sia i Cardassiani che la Federazione rimangono in questi anni quasi esclusivamente confinati nei propri territori, intenti esclusivamente a recuperare le forze perse nel conflitto.
Pochi sono i contatti fra i due popoli, e quei pochi si svolgono esclusivamente per via diplomatica, garantendo un momentaneo accordo di non-belligeranza.

In questi anni riprende con vigoria l'attivitè dei Maquis nei pressi del confine federale-cardassiano. Nelle azioni attribuite a questi gruppi di ribelli, notevoleè la fama che acquisisce una delle loro cellule, grazie soprattutto al suo comandante conosciuto come Capitan Rood.

I Fondatori trovano un rimedio temporaneo che rallenta l'azione del virus. Incapaci di sostenere qualsiasi attività bellica, restano confinati nei loro territori nel quadrante gamma.

Inviati dei servizi segreti cardassiani “rubano” casualmente ad una spedizione scientifica federale il vaccino che funge da cura per il virus trasmesso anni prima ai fondatori.
Il governo centrale vede in questa fortuita casualità; una possibilità; di riscatto, per cui cerca di contattare i fondatori tramite uno degli ultimi ripetitori subspaziali mantenuti attivi nei loro territori.
I Cardassiani propongono ai Fondatori uno scambio che garantirebbe loro manodopera e aiuti immediati per la ricostruzione delle città e di tutte le forze militari distrutte.
I Fondatori, riluttanti a fornire aiuto ai Cardassiani e a sottostare ad un accordo-ricatto, ma bisognosi della cura, in un primo momento acconsentono allo scambio.
Sfruttando la sicurezza dei Cardassiani di avere il coltello dalla parte del manico, i fondatori inviano, sotto finte spoglie di manodopera, un manipolo di jem'hadar con l'ordine di sottrarre con qualsiasi mezzo il vaccino dalle mani dei cardassiani.
I cardassiani, scoperto l'inganno, senza indugio cercano di decimare lo squadrone di jem'hadar.
Molti dei jem'hadar muoiono, ma una piccola squadra di combattenti superstiti riesce a portare a termine la missione sottraendo il vaccino alle difese del governo cardassiano.

L'esplosione a catena di una colonna di falchi romulani di classe D'deridex dovuta all'improvvisa avaria di uno dei motori a curvatura di una delle navi causa un notevole sconvolgimento a cavallo della zona neutrale.
Dalle stazioni di rilevamento federali viene segnalata una potentissima reazione a catena in ambito subspaziale causata da tale esplosione. Subito vengono inviate delle navi a scandagliare la zona, sia da parte federale che da parte romulana, e contemporanemante la Federazione comincia a pressare il governo romulano sul piano diplomatico per avere spiegazioni.
Le ricerche evidenziano la presenza di giganti e anomale sacche di condensazione subspaziale. Data la stranezza della presenza di tali rare singolarità a cavallo della zona neutrale in un settore dove mai erano state osservate prima, il governo federale comincia a dubitare che i Romulani possiedano una nuova potente arma che, per cause da spiegare, abbia generato tali sconvolgimenti nel subspazio.
I rapporti fra Federazione e Romulani cominciano a diventare tesissimi anche sul piano diplomatico, aggravati soprattutto dal fatto che i Romulani sono restii a divulgare la vera causa dell'incidente (la rottura del contenimento di una delle singolarità quantiche che forniscono energia ai motori delle loro navi) anche a costo dell'inasprimento dei rapporti con la federazione.
Solo il felice intervento dell'Ambasciatore vulcaniano Talek riesce a distendere nuovamente la situazione. Grazie ad un notevole sforzo diplomatico, Talek riesce a carpire ad alcuni membri della Tal Shiar la verità sull'incidente. Il governo federale, messo al corrente dell'accaduto, allenta la stretta diplomatica sui romulani e continua a monitorare la zona per controllare possibili movimenti delle fratture subspaziali in proprio territorio.

L'avvistamento di un cubo Borg da parte di un convoglio di navi mercantili dirette su Betazed è messaggero di una nuova attività Borg nel quadrante alfa.
Quattro navi della Federazione vengono inviate ad intercettare il vascello Borg. Riescono a respingerlo nei pressi di Halis III fondamentalmente grazie all'aiuto fornito da alcune navi Maquis che incrociavano nel settore.

Una nave klingon viene attaccata da un falco romulano nei propri territori.
Il governo Klingon, comandato da una maggioranza moderata, chiede l'immediato intervento della Federazione contro i romulani per ristabilire l'equilibrio infranto.
Navi della Federazione vengono spostate dalla linea della zona neutrale fino in territorio klingon per aiutare nel pattugliamento.
Viene indetta una nuova conferenza diplomatica fra i tre popoli, che però non porta a nessuna distensione.

La fazione meno moderata dei klingon comincia ad insorgere contro l'attuale governo e la sua politica “poco guerriera”. Oltre alle difficoltà della ricostruzione, i klingon devono quindi affrontare la crisi interna che li porta sull'orlo della guerra civile.
Lo scontro interno fra le opposte fazioni viene fortunatamente evitato grazie al provvidenziale intervento dell'Ambasciatore Langor, pesantemente appoggiato dalla Federazione.

Il dominio, rinfrancato dal vaccino strenuamente recuperato dai pochi jem'hadar superstiti, comincia a riacquistare velocemente nuove energie.
L'idea di una nuova invasione comincia a riapparire, per cancellare la sconfitta subita pochi anni prima.

Su Bajor la ricostruzione procede incessantemente, portando al fiorire di nuove e grandi città. I rapporti con la Federazione vengono sempre più intensificati, grazie anche al continuo scambio di ufficiali fra le reciproche flotte. Il governo bajoriano comincia a valutare fortemente un possibile ingresso nella Federazione Unita dei Pianeti.

Situazione attuale.

I Romulani mantengono rapporti freddamente diplomatici con la Federazione e con i Klingon.
Da un momento all'altro l'equilibrio si può spostare da una parte o dall'altra.
Possono accadere piccole battaglie o, in caso di necessità, anche deboli ma proficue alleanze.

I Klingon, debilitati e in via di ricostruzione, appellandosi al loro forte spirito guerriero, mantengono caparbiamente la loro forza all'interno del quadrante.
L'alleanza con la Federazione è momentanea e dettata dalla necessità.

I Cardassiani, dopo le gravi perdite di 5 anni prima e dopo lo smacco subito dal furto del vaccino per i fondatori, mantengono vaghi rapporti diplomatici, dettati dalla necessità momentanea, con le altre potenze, ma senza stringere alleanze o firmare trattati di pace, in attesa di poter riprendere un qualche progetto bellico.

Il Dominio si sta curando velocemente dal tremendo virus che lo tormenta da ormai 5 anni, e sta preparando una nuova offensiva.

La Federazione, come gli altri, dopo un periodo di ricostruzione, ha ripreso le sue attività verso l'esplorazione dello spazio, seppur debolmente, con le priorità verso il pattugliamento dei confini e della zona neutrale.
A tale riguardo, vi è una rinnovata attività verso il controllo, la tutela e l'incontro con giovani culture in sviluppo site ai confini dello spazio federale nel quadrante alfa.
Di fondamentale importanza, per questo e molti altri aspetti, è la sempre più stretta collaborazione con Bajor dal punto di vista militare e politico.

I Maquis continuano ad essere attivi nelle zone di confine, rivendicando ancora i loro diritti.

I Borg restano una minaccia sempre presente.